李智超出自於大連實德青訓，2006年入選國青隊，2008年進入實德一線隊[1]，同年隨國青隊參加了亞青賽。當年上半年他作為大連實德四五隊一員參加新加坡聯賽，下半年進入到大連實德一線隊亮相中超聯賽。

2011年6月18日李智超在大連實德與天津泰達的比賽中取得了自己正式比賽的第一個入球[2]。2012球季下半球季外借到北京八喜[3]，表現出色。2013年外借麗江嘉雲昊打中乙聯賽。2014年正式轉會北京八喜參加中甲，擔任主力球員。

2015年李智超轉投中超球隊河南建業，表現非常出色。2016球季在季前與江蘇蘇寧的教學賽中被對手相中，直接簽約。但當球季發揮平平而被棄用，於2017年初轉投中甲球隊武漢卓爾。2018年武漢卓爾沖超成功，李智超出場機會寥寥，在2019球季未獲註冊。